На момент ввода в строй это были самые большие авианосцы специальной постройки в мире. По сравнению с прототипом они имели дополнительную палубу, повышающую высоту борта почти на всей длине корпуса, и большой развал носовых шпангоутов. В результате мореходность авианосцев типа "Секаку" значительно улучшилась и они оказались более "сухими", чем все предыдущие японские авианосцы. Для повышения скорости хода и дальности плавания корабли получили бульб в носовой части корпуса, снижавший гидродинамическое сопротивление, как это было сделано на линкорах типа Ямато. И бронирование этих кораблей было самым мощным среди авианосцев специальной постройки: пояс по ватерлинии толщиной до 215 мм и броневая палуба над жизненно важными объектами до 170 мм.

Тип "Секаку" в годы войны показали удивительную живучесть, выдерживая попадания 4-5 торпед. А вот от бомб "Секаку" практически не были защищены: их полетная палуба размером 242,22x29 м, под которой располагался двухъярусный ангар, была безбронной. За исключением небольших участков в самом носу и над дымоходами она была только обшита деревом. К тому же японцы, в стремлении ускорить обслуживание самолетов в бою, расположили посты заправки бензином и подвески оружия не только на полетной палубе, но и в обоих ангарах. Поэтому любая бомба, попавшая в замкнутое пространство ангара, где сосредотачивалось большое количество взрывчатки, а концентрация паров бензина, несмотря на принудительную вентиляцию (каждые 10 минут воздух в ангарах обновлялся), была высокой, могла вызвать губительные пожары. Неудачно, с точки зрения живучести, но зато удобно для заправки, были расположены цистерны с авиабензином, которые, как и бензопроводы, не имели надлежащей защиты от ударов и сотрясений. Не только при прямых попаданиях бомб, торпед или снарядов в корпус АВ, но даже при близких разрывах герметичность цистерн и бензопроводов нарушалась и пары бензина распространялись по всему кораблю. Как видно, желание иметь тактические преимущества здесь перевесило требования по пожаробезопасности корабля.

Пока японские авианосцы на первом этапе войны не встречали серьезного сопротивления, эти общие недостатки проектов, особенно на фоне достигнутых ими потрясающих успехов, никак не проявлялись. Но при первых же атаках американских пикировщиков стала ясно, что эти корабли могут погибнуть от попадания всего 2-3 бомб среднего калибра. Поэтому японцам пришлось усилить противопожарную защиту и реорганизовать обслуживание самолетов на уцелевших кораблях типа "Секаку". Заправка самолетов и подвеска на них вооружения стала производится только на полетной палубе, откуда в случае пожара горящие машины можно было сбросить за борт, как это делали американцы. Оба ангара оборудовали раздвижными противопожарными жалюзи с дистанционным управлением, которые, локализуя пожар, могли разделить ангар на 6-7 отсеков. При этом с обратной стороны жалюзи охлаждались. В каждом ангаре установили системы пенотушения производительностью 100 л/мин., а в нижнем еще появилась система заполнения части его объема (до 18%) двуокисью углерода. В каждом отсеке появился защищенный 25-м м сталью и бронестеклом пост управления пожаротушением, из которого управляли жалюзи, клапанами пенотушения своего и соседнего отсека и поддерживалась телефонная связь с другими постами.

Самолеты подавались из ангаров на полетную палубу с помощью трех уравновешенных подъемников: носового размером 13x16 м, расположенного по диаметральной плоскости (ДП), среднего (13x12 м), смещенного от ДП влево на 0,5 м и кормового (11,75x13,25 и), смещенного от ДП на 0,3 м вправо. Электроприводы обеспечивали скорость перемещения до 50 м/мин., подъем самолета из нижнего ангара мог производится за 15 секунд, а полный цикл, начиная с постановки самолета в подъемник в ангаре и заканчивая его установкой на полетной палубе для старта, занимал около 40 секунд.

Оба полностью закрытых ангара имели высоту 5 м, по ширине занимали почти все пространство корпуса, по длине верхний ангар проходил от кормового подъемника до якорного устройства на полубаке, а нижний начинялся перед кормовым подъемником и заканчивался в 15 м за носовым. В кормовой части верхнего ангара располагались мастерские по ремонту и обслуживанию самолетов. Поскольку на большей части длины корпуса ангары занимали почти всю его ширину, место для хранения шлюпок осталось только в корме, что также было характерной особенностью большинства японских авианосцев. На воду шлюпки спускались с помощью системы блоков и талей, размещенной под полетной палубой.

Для защиты от ветра стоящих на полетной палубе самолетов при отсутствии взлетно-посадочных работ в ее носовой части поднимался экран, для обеспечения ночных взлетов и посадок имелось три выдвижных прожектора, а для подъема аварийных самолетов с воды справа от кормового подъёмника был установлен большой кран, который мог укладываться на полетную палубу. Расположение тросовых финишеров - восемь в корме за аварийными барьерами и три в носу - обеспечивало прием самолетов как с носа, так и с кормы, что давало известные тактические преимущества. При приеме самолетов тросы специальными стойками поднимались над палубой на 160 мм. Тормозные двигатели, к которым крепились концы тросов, располагались под нижним ангаром, каждый в своем отсеке. Аварийные барьеры под действием попавшего в них самолета могли смещаться на 12 м. Катапульты для запуска самолетов, как и на всех японских авианосцах, отсутствовали, поскольку длинная полетная палуба гарантировала взлёт всех состоящих тогда на вооружении флота самолетов после свободного пробега.

Небольшая островная надстройка высотой в четыре яруса стояла так, чтобы до минимума свести аэродинамические помехи при проведении взлетно-посадочных операций. В ней размещались походные каюты, оперативная, рулевая, штурманская, ходовая и радиорубки, средства наблюдения, связи и управления вооружением корабля. С кормы на надстройке имелась доска, на которой помещалась информация для летчиков, сидящих в готовых к старту самолетах (самолеты стартовали по направлению с кормы на нос), а за надстройкой стояла небольшая треногая мачта, служащая для подъема сигнальных флагов. На надстройке также имелись обычные сигнальные прожекторы, к которым в конце 1942 года добавили оборудование для инфракрасной связи.

Корабли имели стандартный комплект радиоприемников и передатчиков, работающих на всем диапазоне частот. Для растяжки радиоантенн оба авианосца в кормовой части имели четыре легкие треногие мачты, по две с каждого борта, вынесенные за пределы полетной палубы. Во время взлетно-посадочных работ эти мачты могли укладываться на палубу.