Вошел в состав флота 2.08.1912. Использовался в качестве учебного корабля для минеров. После начала войны - в составе флота Балтийского моря.
2.08.1914 вместе с "Аугсбургом" "Магдебург" обстрелял порт Либава.
9-13.08.1914 – поход в Рижский залив, обстрел маяка Богшер.
25.08.1914 "Магдебург", "Аугсбург" и группа эсминцев вышли в море. Когда после полудня опустился туман, командующий немецким соединением, используя плохую видимость, решил пройти мимо русских дозоров. Ближе к вечеру видимость еще более ухудшилась, и "Магдебург" в 21 час. 00 мин. потерял визуальный контакт с "Аугсбургом". Вскоре флагман приказал изменить курс. Адмирал, служивший до этого на Северном море, где уровень боевой подготовки был выше, чем на Балтике, не мог предположить, что на "Магдебург" радиограмму будут расшифровывать целых 18 минут. В результате крейсер изменил курс несвоевременно и на полном ходу налетел на камни у острова Оденсхольм. В 0 час. 37 мин. корабль содрогнулся от сильного удара. Попытки сняться с помощью миноносца "V-26" не удались...
Командование русского флота узнало о происходящем в 02 час. 00 мин. от сигнального поста на острове Оденсхольм. Командующий русским флотом незамедлительно начал действовать. Из Ревеля вышли два миноносца службы связи "Лейтенант Бураков" и "Рьяный". Из базы Ханко вышел дивизион миноносцев, а из Балтийского порта (ныне Палдиски) - крейсера "Богатырь" и "Паллада". Над местом трагедии все еще висел туман, затруднявший действия обеих сторон. Командир "Магдебург" капитан 2 ранга Хабенихт прекрасно понимал, что снять крейсер с камней невозможно, и принял решение перевести экипаж на миноносец, а корабль взорвать. Предварительно он приказал обстрелять находившийся вблизи маяк. После обстрела на берегу сгорело деревянное строение, но сам маяк, где находилась радиостанция, не пострадал.
Вскоре на месте событий появились "Богатырь" и "Паллада", которые сразу открыли огонь по "Магдебург". В это же время миноносец "Лейтенант Бураков" атаковал свои крейсера. Торпеды прошли около борта "Паллады", которая, в свою очередь, открыла стрельбу по миноносцу. К счастью, вскоре русские моряки разобрались в обстановке и все вместе обрушили огонь на "Магдебург" и "V-26". В немецкий эсминец попал снаряд. Некоторые моряки, снятые с "Магдебург" были убиты. Командир крейсера поняв, что положение безнадежно, приказал взорвать носовые погреба, после чего корабль сдался. Потери немцев составили 15 убитых, столько же раненых. 75 человек пропали без вести, а 55 во главе с командиром попали в русский плен. Но, кроме потери нового крейсера и части экипажа, произошло гораздо худшее для германского флота событие.
При обследовании "Магдебург" и дна рядом с ним русские обнаружили среди многих документов два экземпляра секретной кодовой книги. Один был передан английскому Адмиралтейству, второй использовался командованием русского флота.
"Магдебург" стал первым немецким легким крейсером, погибшим в мировую войну. Корпус корабля долгие годы оставался в точке с координатами 59° 18' N 23° 21' О.